Aia Pagoeta

Incluye la mayor parte de la colección de robles, en la que destaca la gran variedad de formas y tamaños de las hojas de las distintas especies, algunas de ellas difícilmente identificables como tales para los no especialistas.
Aquí también está parte de la colección de los arces y las de acebos y abedules, así como la zona destinada a la exposición y conservación de la Flora Amenazada del País Vasco.

En esta zona se encuentran los árboles más antiguos del jardín, comprende la mayor parte de la colección de arces, así como la de camelias, cornejos y parte de las magnolias. Es de gran interés en otoño por el colorido de las hojas antes de caer.

Esta zona alberga la colección de Leguminosas y a finales de invierno y en primavera nos regala la floración de una gran variedad de mimosas.
Aquí encontramos también las plantas procedentes de los climas más cálidos, prosperando gracias a la exposición, entre ellas varias especies de bananos.

Se dedica en parte a la flora mediterránea, con plantas de las familias de las Labiadas y las Cistáceas entre otras. Podemos admirar una colección de unas 80 variedades de rosal y otras plantas con buen colorido otoñal, como las nysas o tupelos, los estoraques y los cercidifilos.

Esta zona, donde se ubican desde el 2003 las ferias anuales de Plantas de Colección, alberga las colecciones de olmos y nogales, así como la de bambúes y está salpicada por muchas otras plantas de flor, como cerezos, manzanos, cannas...

Alberga, por un lado, la colección de Rosáceas (cerezos, manzanos, perales, membrilleros, etc.) y por otro, la flora del hemisferio sur, con gran cantidad de árboles y arbustos de floración invernal procedentes de Chile, Australia, Nueva Zelanda y Sudádrica.

Comprende un rodal autóctono de robles, arces, cornejos, fresnos y laureles, con una rica flora asociada. En su interior se alberga parte de la colección de Ericáceas (brezos, rododendros, pieris, etc.).

En esta zona se encuentra la colección de Gimnospermas: pinos, abetos, cipreses, sequoias, araucarias, podocarpos, tejos, etc., También se pueden observar otras plantas de distintas familias, como el roble Quercus oleoides, Melaleuca decussata, Banksia integrifolia, etc.